Comentario
En el año 1068 subió al poder el emperador Go Sanjo, que instauro un nuevo pero breve tipo de gobierno llamado Insei (palabra que significa gobierno desde un templo). El nuevo emperador intentó restaurar la autoridad imperial y acabar con la venta de los puestos oficiales y el control de las grandes familias, suprimiendo las regencias de las minorías de edad y el gran lujo palaciego, ya fuera imperial o nobiliario. Con objeto de impedir el peligro de que una familia se erigiese en tutora del emperador, como había sido la costumbre hasta entonces, abdica en favor de su hijo Shirakawa (1073-1087). Se retira a un monasterio, dirigiendo desde aquí los asuntos del país. Este nuevo sistema, que durará unos decenios, apenas se diferencia de la práctica de la tutela que se había utilizado hasta entonces; sin embargo, lo fundamental es que gobierne como regente el mismo emperador saliente, con lo que se evita el predominio de una determinada familia independiente que en otros tiempos dominaba incluso por encima del emperador. Esta reforma fue el ocaso definitivo de los Fujiwara.
En 1156 estallo una guerra civil entre los dos clanes más poderosos, los Taira y los Minamoto, que finalizo en 1185 con el aniquilamiento de los Taira. El vencedor, Yorimoto Minamoto, recibió el título de "shogún" o generalísimo de los ejércitos, lo que le convertía de hecho en protector del emperador. De esta manera, la Monarquía japonesa se transformó en una realeza feudal, sometida a los shogún, convertidos en verdaderos soberanos hereditarios establecidos en Kamakura, al norte del país, con una administración independiente de la imperial. Había comenzado la llamada era de Kamakura o del shogunato en que un Estado feudal sustituyo al llamado Estado de funcionarios hasta entonces existente.
A partir de 1219 el título de shogún dejó de transmitirse de manera hereditaria, pero no por ello disminuyó su poder. Es la época llamada feudal, en que se noto un declive cultural, ya que la nobleza sólo se preocupaba por el adiestramiento militar y los asuntos bélicos; la cultura tuvo que refugiarse en los monasterios, mientras el país permanecía aislado por el peligro mongol y por la propia piratería nipona.
El shogunato fue asumido a lo largo del siglo XIII por diversos personajes venidos de Kyoto, pero quienes en realidad detentaban el poder eran los shikken, lugartenientes de los shogún. El titulo de shikken fue tomado en 1203 por Hojo Tokimara, un samurai miembro de la guardia palatina; a partir de entonces, la familia Hojo ejerció dicho cargo -de gran autoridad militar- hasta 1333, mientras los shogún de Kamakura continuaron gobernando nominalmente. Fue una época la del shikkenato de gran esplendor, en la que prosperó la agricultura, se intensificó el comercio con China, de donde se introdujo la planta del té, así como la secta búdica Zen, y comenzaron a organizarse corporaciones y gremios. En estas propicias circunstancias se produjo la llegada de la dinastía mongol al trono imperial chino, hecho que se pretendió ignorar oficialmente en el Japón, hasta que los mongoles fracasaron por dos veces al intentar invadir el Japón en 1274 y 1281, situación que sin embargo dio protagonismo a los guerreros que habían defendido el archipiélago de los mongoles, que reclamaron tierras como recompensa al gobierno del shogún, en una época que no había disponibilidad de ellas. El levantamiento de los guerreros descontentos y defraudados condujo a la desestabilización del régimen Kamakura, y en tales circunstancias el emperador Go-Daigo (1318-1339) intentó restaurar sus poderes y, tras diversos enfrentamientos bélicos, consiguió acabar con los Hojo y destruir Kamakura (1333). El triunfo personal del emperador fue breve, ya que en 1335 uno de sus mayores valedores, Ashikaga Takauji, se alzó contra él, haciéndose cargo personalmente del shogunato, ejerciéndolo en la misma Kyoto. Go-Daigo tuvo que refugiarse en las montañas de Yoshino, ya que en Kyoto fue entronizado un antiemperador. Ashikaga concentraba de esta manera en sus manos todo el poder real, a la vez que quitaba a la importante nobleza cortesana gran parte de sus rentas en beneficio de sus poderosos vasallos regionales, cuya fidelidad había que asegurar temporalmente a base de cederles poder en las provincias. El antiguo sistema imperial del ejercicio de poderes se había desplazado hacia una época feudal debido a que los Ashikaga tuvieron que repartir con sus fieles los frutos de la victoria, y la distribución de las tierras se hizo según la lógica de las relaciones de hombre a hombre, lo que cristalizo en la formación de una jerarquía de carácter feudo-vasallático. A los señores más poderosos se les denominó daimyo, mientras que los pueblos, saqueados por los guerreros de los distintos bandos, organizaban ellos mismos su propia defensa. Fue entonces cuando el feudo tomó sentido de concesión hecha por un señor a su vasallo en señal de protección, a cambio de servicios de éste, sobre todo militares.
A finales del siglo XIV el Japón vivió en la anarquía provocada por dos emperadores nominales: el de Kyoto y el de Yoshino, mientras que el poder real lo ejercían los principales señores feudatarios del shogún. A pesar de ello, Ashikaga Takauji fue nombrado shogún en 1338, estableciéndose en Kyoto y fundando la primera dinastía propiamente dicha de shogunes. El ascenso al poder de la dinastía Ming en China reanudó el comercio entre ambos Imperios, a la vez que se aclaraba la legitimidad interna nipona, al reconocer el sucesor de Go-Daigo la legitimidad de la Corte imperial de Kyoto. El ya único y legitimo emperador, Yoshimitsu, entró en contacto con la Corte Ming, y estimuló fuertes lazos comerciales que permitieron la importación de seda cruda para las necesidades de su Corte. Después de un corto pero brillante periodo se inició una larga época de anarquía que duró hasta finales del siglo XVI. De 1467 a 1477 Kyoto se convirtió en campo de batalla por las rivalidades entre dos familias aliadas de los Ashikaga, el poder central desapareció en la práctica y, durante décadas, pueblos y ciudades vivirían un periodo de libertad por la falta de un control superior, mientras los grandes guerreros (daimyo) se disputaban el poder perdido ya en plena Edad Moderna.